Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) "Άσκηση και Υγεία" έχει ως στόχο την εξειδίκευση των φοιτητών/τριων στη μελέτη συνθηκών διατήρησης και προαγωγής της υγείας μέσω καθιερωμένων μεθόδων σωματικής δραστηριότητας.

Το ΠΜΣ υποδέχεται κάθε χρόνο τους νέους φοτητές το μήνα Φεβρουάριο. Τριάντα (30), κατά ανώτατο όριο, φοιτητές απόφοιτοι σχολών σχετικών με το αντικείμενο όπως ΤΕΦΑΑ, Ιατρικής, Πολυτεχνείου, ΑΤΕΙ Φυσικοθεραπείας, κ.λ.π. εισάγονται για να παρακολουθήσουν το ΠΜΣ το οποίο διαρκεί 1 έτος και 6 μήνες (18 μήνες).

Χορήγηση μεταπτυχιακού επιδόματος σε ιατρούς απόφοιτους του ΜΠΣ «Άσκηση και Υγεία» 

Με απόφαση του Υπουργείου Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης, οι γιατροί που αποφοιτούν από το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών  «Άσκηση και Υγεία» του Τμήματος Επιστήμης Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας δικαιούνται το επίδομα κατοχής μεταπτυχιακού διπλώματος.